El diagnóstico se establecerá después de la evidencia de que existe un proceso infeccioso con síntomas febriles persistentes sin que exista un foco aparente de esta infección.
Con la finalidad de llevar a cabo el diagnóstico, será importante demostrar la existencia de microorganismos en la sangre, al igual que las vegetaciones. Estos primeros se detectarán mediante los hemocultivos, siendo cultivos de sangre de la persona que presenta la patología en condiciones que lo que hacen es favorecer el crecimiento de dichos microorganismos. No obstante, no sólo ayudarán a encontrar el microbio causal de la enfermedad, sino que también determinarán qué tratamiento es el más efectivo.
Las vegetaciones, por el contrario, se detectarán mediante imágenes cardíacas. Por lo general, primeramente se realizará un ecocardiograma transtorácico desde el exterior del tórax.
En caso de que esta prueba no detecte vegetaciones y exista alta sospecha, se podrán efectuar otras pruebas como es el caso del ecocardiograma transesofágico, mediante un tubo que se introduce por la boca hasta e esófago. Además, el ecocardiograma también aportará datos sobre cómo se encuentra la válvula en la que se localiza la endocarditis y cómo funciona de forma general el corazón.
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