El tratamiento para esta enfermedad será establecido por el médico en función de la edad del paciente, la gravedad de la enfermedad (pudiendo distinguir entre ductus pequeño o ductus grande. Estos primeros pueden no necesitar tratamiento o cerrarse espontáneamente) y los síntomas que muestra. Una vez que se ha observado todo lo anterior se podrán tomar dos decisiones, hacer un seguimiento periódico del niño o bien realizar un tratamiento cuya finalidad sea el cierre del ductus.
En niños prematuros normalmente se utilizan los siguientes fármacos antiinflamatorios:


En caso del ductus arterioso permeable no responda al medicamento, será necesario cerrarlo de forma percutánea con cateterismo o bien con cirugía. Este cateterismo se trata de un procedimiento complejo e invasivo cuyo objetivo es estudiar la anatomía del corazón, las arterias coronarias y valorar la funcionalidad de este órgano.
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